公元2001年12月25日。21世纪的第一年即将在欢乐的气氛中过去。人类史上最大的灾祸－“病毒危机”偏偏在这个时候降临了。一种前所未见的疾病在全球范围内蔓延，全球人口的三分之二都在这场疾病中死去了。因为在人类历史上从来没有发生过这种事，所以人们猜测这种谜一样的传染病（或称为生化危机）是一种人类的自然淘汰现象。在这场灾祸中生存下来的人们，决定团结在一起为了人类社会的复兴而不断努力。差不多一个世纪过去了···

让人感到讽刺的是，当年（指2001年时）让所有人都头疼的人口膨胀、环境污染等问题，因为那场灾祸而不复存在。因为剩余的人们专注于科学力的发展，对于当初的错误已经有所醒觉。随着时间的推移，人类再次达到了繁荣的顶点。

这个故事发生的舞台，是2099年的日本东京市。
因为持续的繁荣，东京吸引了各色各样的人种前来定居，种族之间的隔膜渐渐因为融合而减少，一切都是那么美好……就在这时，一起连环死亡案件发生了，死者们都有共同的地方，他们都是被病毒侵入神经中枢而致死的，但人们病毒入侵的原因却一无所知。这是谁做的？下一个死的又会是谁？这件事情的公开让大家又想起了2001年的那一次浩劫……它们之间有太多相同之处了……
因为担心人们的恐慌会影响到整个社会的稳定，当局决定对整个事件进行详细的调查。在这个连治安机构都已经民营化的时代，罪案调查的实际执行者就是那些所谓的“私人侦探”……
当局最后选择了在私人侦探中出了名有能力的、本游戏的主人公“高梁拓弥”来负责这个案件。拓弥当时正因为没有生意而无所事事，所以一口就答应了当局的要求。但是，事情并不是这么简单……
拓弥的侦探事务所在新宿一栋楼房的2楼，一楼是一间酒吧“MEMROIES”。这间酒吧是由拓弥的养父高梁一朗所经营的音乐酒吧。 至于职员，除了高梁一朗的女儿仁美和爱美之外，还有几个人。 仁美和爱美一般在早上到拓弥的侦探事务所帮忙，晚上就在父亲就酒吧里唱歌。拓弥和这两姐妹的感情很好，就好像真正的兄妹一样。 其实主人公拓弥是一个孤儿，在懂事之前就已经被高梁一朗拣回来，所以对于自己的生日、原来的姓名，拓弥是一无所知的。
以高梁拓弥为中心，这个故事和2001年那次浩劫之间的关系将会慢慢展开……